1月15日至16日，三九医药股份有限公司经营工作会议在深圳召开。会议明确：2009年，上市公司将大力推进和落实五项战略举措和八项具体工作，从“基础管理年”转向“成本效益年”。

 
1月下旬，三九医药PDMP（业绩及发展管理流程）项目启动会在深圳召开。三九医药是华润医药“领导力发展项目”试点单位，也是华润集团首家实施PDMP项目的企业。

2月11日，国家食品药品监督管理局副局长吴浈，纪检组长李东海率调研组，到三九医药股份有限公司考察。

2月11日至14日，新加坡中医师代表团一行30人来到深圳，参观访问三九医药。

3月13日至15日，三九医药2009年度经理人年会在深圳召开。会议以上市公司战略规划为导向,提出了2009年的管理目标,以及五项战略举措和八项具体工作。14家下属企业负责人分别与公司签订了2009年经营责任书。

3月17日,三九医药与广大投资者相聚在深圳喜来登酒店会议厅。在这次以“机遇.变革.成长”为主题的见面会上，三九医药高管向与会基金经理、证券分析师等投资者介绍公司2008年度业绩，并就公司未来发展、医药企业如何应对新医改带来的机遇和挑战等话题，进行了面对面交流和探讨。

4月7日，中国工程院院士、天津中医药大学校长张伯礼一行，来到三九医药股份有限公司深圳总部，就“壮骨关节丸”安全性研究及二次开发等工作与公司研发事业部研究人员进行了研讨。

6月底，经过广东省食品药品监督管理局现场检查，三九医药工业园全自动化运行的高架立体仓库获得GSP资质，在深圳市三九医药贸易有限公司经营许可证中，将添加新仓库地址，这标志着三九医药工业园已纳入完善的GMP、GSP管理体系，上市公司生产管理、物流管理迈上了新的发展平台。

6月下旬，三九医药（000999）荣登2008年度中国上市公司“金牛百强”和“价值百强”榜。自7月1日起，三九医药（000999）调入沪深300指数，同时入选沪深300相对成长指数、沪深300相对价值指数、沪深300医药卫生指数以及中证中盘200指数。此前，三九医药（000999）已入选深圳证券交易所100成份指数。这充分说明三九医药上市公司受到资本市场的高度认可。

6月25日，同济大学裴钢校长带领“中医大师传承人才”班专家共13人来到深圳，参观访问三九医药股份有限公司总部。

7月20日，首届中国最具竞争力医药上市公司20强及最具投资价值医药上市公司10强在北京揭晓，三九医药股份有限公司（000999）在20强榜中位列第四。此次评选活动由中国医药企业管理协会、《医药经理人》联合主办。

8月18日，卫生部、国家发改委等九部委正式颁布《国家基本药物目录》，三九医药股份有限公司共有68个品种登录《国家基本药物目录》，其中三九胃泰颗粒和正天丸（胶囊）两个独家中药品种登录《国家基本药物目录》。

8月25日，三九医药股份有限公司“单味中药浓缩颗粒剂技术改造”项目，获得深圳市贸易工业局下发的“项目竣工验收结果通知书”。单味中药浓缩颗粒剂技术改造”项目，于 2002年被列入国家第三批重点技改造项目之列，并在当年获得国家2037万元人民币的专项资金补助。

10月25日华润集团总经理乔世波等视察了江西三九药业有限公司，重点了解该公司并购项目工作进展情况。

11月10日，三九医药发布公告称：董事会决议公司名称由“三九医药股份有限公司”变更为“华润三九医药股份有限公司”，将“华润”字号植入公司名称，有利于借助华润集团在国内市场的影响力和医药产业资源促进公司业务成长。